Jean-Pierre Noiseux s'est d'abord fait connaître comme spécialiste de la flûte à bec et de la musique ancienne.   Travaillant avec des ensembles réputés, tels l'Ensemble Anonymus, la Compagnie musicale La Nef, le Studio de musique ancienne de Montréal et Les Violons du Roy, il s'est produit en concert au Canada, aux États-Unis, au Mexique, en Amérique du Sud et en Europe, participant également à l'enregistrement de plusieurs disques et émissions radiophoniques.

Parallèlement à sa carrière d'interprète, M. Noiseux a enseigné la flûte à bec durant une quinzaine d'années, notamment à l'Université McGill et à l'Université de Montréal.  Il a de plus dirigé l'Atelier de musique du moyen âge et de la Renaissance de l'Université McGill.

De 1996 à 1999,  Jean-Pierre Noiseux a occupé la fonction de Directeur musical à Radio Ville-Marie, station radiophonique religieuse où il a réalisé de nombreuses séries d'émissions sur le chant grégorien et sur la musique liturgique (Le Grégorien au fil du Temps ; Musique et Liturgie ; Antiphonaire ; etc.). De 2000 à 2004, il a dirigé la série de conférences Présences de la musique de la Société québécoise de recherche en musique (SQRM), société dont il a été président de 2005 à 2008.

C'est en 1979, à la Faculté de musique de l'Université de Montréal, qu'il s'initie à la paléographie musicale grégorienne auprès de Monsieur Clément Morin, p.s.s..  Mais ce n'est que 12 ans plus tard qu'il se consacrera plus intensément à l'étude du chant grégorien.  Il joint d'abord les rangs du Chœur grégorien de l'église Saint-Jean-Baptiste de Montréal où il agira pendant trois ans comme assistant de Dom André Saint-Cyr, o.s.b. avant de fonder, en 1994, la Schola Saint Grégoire.

Professeur associé au Département de musique de l'Université du Québec à Montréal (UQAM) de 2005 à 2011, boursier du Conseil des Arts et des Lettres du Québec, du Conseil des Arts du Canada et du Conseil de recherches en sciences humaines du Canada (CRSH), Jean-Pierre Noiseux poursuit des recherches principalement sur la restauration du chant grégorien au XIXe siècle.  Il fait partie de l'équipe de direction de l'Institut grégorien du Canada et est membre du groupe de recherche Cantus Planus, de la Société internationale de musicologie (IMS), de l'American Musicological Society (AMS), de la Société québécoise de recherche en musique (SQRM) et de l'Association des musiciens liturgiques du Canada (LAUDEM).